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一次检索分析流程、软件与算法、数据库资源、使用教程和文献证据。搜索结果按相关度排序，筛选状态可以通过 URL 分享。
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matched
5
resource types
软件与算法
STAR
高性能 RNA-seq splice-aware 比对器，适合 bulk RNA-seq、融合基因检测和剪接分析。
比对与索引命令行软件
软件与算法
HISAT2
轻量级 splice-aware RNA-seq 比对器，适合资源受限环境下的大规模样本处理。
比对与索引命令行软件
软件与算法
Salmon
无需传统比对的转录本定量工具，常与 tximport 和 DESeq2 构成快速 RNA-seq 流程。
表达定量命令行软件
软件与算法
DESeq2
基于负二项分布的 RNA-seq 差异表达分析 R 包，适合有生物学重复的 bulk RNA-seq。
差异表达分析R 包
软件与算法
edgeR
适合复杂设计和小样本 RNA-seq 的差异表达 R 包，提供 TMM 标准化和 GLM 框架。
差异表达分析R 包
软件与算法
limma-voom
将 RNA-seq counts 转换为带权重的线性模型分析，适合复杂设计和大队列。
差异表达分析R 包
软件与算法
featureCounts
从 BAM 文件生成 gene count matrix 的经典工具，适合 STAR/HISAT2 后接差异分析。
表达定量命令行软件
软件与算法
Seurat v5
R 生态中主流的单细胞分析框架，覆盖质控、整合、降维、聚类和注释。
单细胞分析R 包
软件与算法
Scanpy
Python 生态的单细胞分析框架，适合大规模 AnnData 数据处理和可复现脚本化分析。
单细胞分析Python 包
软件与算法
Harmony
常用单细胞批次校正算法，在 PCA 空间中整合多样本并保留主要生物差异。
单细胞分析R 包
软件与算法
CellChat
基于配体-受体数据库推断细胞通讯网络，适合肿瘤微环境和免疫互作分析。
单细胞分析R 包