← 返回软件与算法资源类型 命令行软件 方法分类 表达定量 原始分类 Quantification 创建时间 2026/6/3
Software & Algorithm Detail
表达定量Quantification命令行软件
Salmon
无需传统比对的转录本定量工具，常与 tximport 和 DESeq2 构成快速 RNA-seq 流程。
Benchmark
性能基准测试
当前图表用于比较不同数据规模下的时间消耗和内存消耗。
性能基准测试
12 threads / 64GB RAM / selective alignment
Documentation
软件原理、用法与参数
统一使用 Markdown 文档渲染，保留命令行代码块、参数表和示例说明。
Salmon 转录本定量
工具定位
Salmon 是快速 transcript-level quantification 工具，常用于 Salmon -> tximport -> DESeq2 流程。它不需要传统 genome BAM，适合大批量样本快速定量。
适用场景
- 适合：bulk RNA-seq 快速定量、转录本层面 TPM、gene-level DEG 上游输入。
- 不适合：必须检查 read coverage、剪接位点、融合基因或 IGV 可视化的项目。
输入与输出
| 类型 | 文件 | 说明 |
|---|---|---|
| 输入 | transcripts.fa | 转录本序列 |
| 输入 | sample_R1.fq.gz, sample_R2.fq.gz | 双端 FASTQ |
| 输出 | quant.sf | TPM、NumReads、EffectiveLength |
| 输出 | aux_info/ | 运行信息和偏倚模型 |
安装方式
mamba create -n salmon-rnaseq -c bioconda -c conda-forge salmon fastqc multiqc
conda activate salmon-rnaseq
salmon --version
推荐项目目录
project_salmon/
├── 00_rawdata/
├── 01_reference/
│ └── transcripts.fa
├── 02_salmon_index/
├── 03_quant/
└── scripts/
最小可运行示例
salmon index \
-t 01_reference/transcripts.fa \
-i 02_salmon_index \
-k 31
salmon quant \
-i 02_salmon_index \
-l A \
-1 00_rawdata/sample_R1.fq.gz \
-2 00_rawdata/sample_R2.fq.gz \
-p 12 \
--validateMappings \
-o 03_quant/sample
常用参数表
| 参数 | 含义 | 推荐值 | 注意事项 |
|---|---|---|---|
-t | 转录本 FASTA | Ensembl/GENCODE transcriptome | 与 tx2gene 注释保持一致 |
-i | 索引目录 | 02_salmon_index | 同一参考只建一次 |
-k | k-mer 长度 | 31 | reads 很短时可适当降低 |
-l | 文库类型 | A | 自动推断，正式项目仍建议记录 |
--validateMappings | selective alignment | 建议开启 | 提高定量准确性 |
--gcBias | GC 偏倚校正 | 可开启 | 样本偏倚明显时有帮助 |
--seqBias | 序列偏倚校正 | 可开启 | 常用于正式 RNA-seq 项目 |
-p | 线程数 | 8-16 | 大队列可并行样本 |
结果解读
TPM：适合样本内或展示表达量，不建议直接用于 DESeq2 差异检验。NumReads：可通过 tximport 汇总到 gene 层面，作为 DESeq2 输入。EffectiveLength：反映转录本有效长度，受 bias correction 影响。
常见错误
| 问题 | 可能原因 | 解决办法 |
|---|---|---|
| mapping rate 低 | transcriptome 版本或物种错误 | 检查 FASTQ 来源和 transcript FASTA |
| tximport 基因 ID 对不上 | tx2gene 表不匹配 | 从同一 GTF 生成 tx2gene |
| DEG 与 STAR 流程差异大 | isoform 汇总策略不同 | 检查 tximport 参数和过滤策略 |
关联流程
- Salmon + tximport + DESeq2
- Bulk RNA-seq 标准差异表达分析增强版