肿瘤组学★★★★★
GDC / TCGA
Genomic Data Commons
NCI 癌症组学数据门户，整合 TCGA 等项目的表达、突变、CNV 和临床数据。
CancerRNA-seqMutationClinical
适合场景
- 下载 TCGA
- 肿瘤表达分析
- 突变和临床关联
使用示例
2 tutorials下载 TCGA 表达矩阵
查看教程做肿瘤差异表达、生存分析或免疫浸润分析前，获取 TCGA RNA-seq 数据。
TCGA-LUAD + Transcriptome Profiling + STAR Counts
- 1. 进入 GDC Portal，选择 Program = TCGA 和目标癌种项目。
- 2. 在 Data Category 中选择 Transcriptome Profiling。
- 3. 选择 HTSeq Counts 或 STAR Counts 后加入 Cart，并下载 manifest。
获取突变 MAF 与临床信息
查看教程分析癌症突变谱、驱动基因或突变与生存/分型的关系。
TCGA-BRCA + Masked Somatic Mutation + Clinical
- 1. 在 Repository 里选择 Simple Nucleotide Variation。
- 2. 下载 Masked Somatic Mutation MAF 文件。
- 3. 同步下载 Clinical Supplement 或通过 GDC API 获取病例信息。